Das Museum ist in einer Franziskanerkirche im gotischen Stil aus venezianischer Zeit untergebracht. Zu sehen sind Funde aus allen vorchristlichen Epochen aus dem Regierungsbezirk Chaniá. Besonders interessant sind die bemalten spätminoischen Sarkophage, schön die farbigen Salbölgefäße aus Glas aus einem Frauengrab (4. Jh. v.Chr.). Einzigartig ist das kleine Siegel aus dem 15. Jh. v.Chr., dessen Abdruck auch auf dem Titel des kostenlosen Museumsprospekts abgebildet ist. Es zeigt die Pracht der damaligen minoischen Siedlung über dem heutigen Hafen.