Hier, unter der Kapuzinerkirche, wurden seit 1632 sämtliche habsburgischen Herrscher und ihre nächsten Angehörigen bestattet. Allerdings ruhen ihre Herzen in der Augustinerkirche und ihre Eingeweide in den Katakomben von Sankt Stephan. Als letzten Kaiser setzte man 1916 Franz Joseph I. in der Kaisergruft bei. Das letzte Begräbnis eines gekrönten Hauptes fand erst 1989 statt, als Kaiserin Zita, die Witwe von Karl I., hier ihre letzte Ruhe fand. Von den 138 Metallsärgen ist Balthasar Ferdinand Molls Doppelsarkophag für Maria Theresia und ihren Gemahl, Franz I. Stephan von Lothringen, der prächtigste.