Im Museum der Schifffahrtsgeschichte findet sich, thematisch passend in einem alten Speicher in unmittelbarer Nähe des Arsenals, die Geschichte der Seerepublik aus der Perspektive der Schifffahrt dokumentiert. Vielerlei Modelle von Kriegs- und Passagierschiffen, Kanonen aus fünf Jh.en, Erläuterungen zum Bau von Gondeln und Festungen, aber auch Fischernetze, Seekarten, Navigationsgerät und fromme Votivbilder, die von wunderbarer Errettung aus Seenot zeugen. Das Highlight ist sicherlich der Bucintoro, jene Prunkbarke, von der aus der Doge einmal jährlich die rituelle Vermählung mit dem Meer vollzog.