Mit 1,7 Mio. ha ist der Nationalpark Manu halb so groß wie die Schweiz und dabei das wohl artenreichste Regenwaldreservat der Erde: Allein 200 Baumarten kommen hier pro Hektar vor – in ganz Europa gibt es nur 160 – und 1000 von 9000 insgesamt auf der Welt existierenden Vogelarten. Seit 1987 trägt er das Etikett Unesco-Welterbe. Aufgrund des sehr unregelmäßigen Kleinflugverkehrs von Cuzco nach Boca Manu, dem Tor zum Nationalpark am Zusammenfluss des Río Madre de Dios und des Río Manu, erfolgt die Anreise (2 Tage) per Bus über Paucartambo und Pillcopata. Ab Atalaya wird das Boot genommen. Übernachtet wird unterwegs in den Nebelwaldlodges der Manu-Veranstalter. Fällt der Rückflug nach Cuzco aus, nehmen die Veranstalter die Route den Río Madre de Dios flussabwärts bis Colorado, von dort per Auto bis Puerto San Carlos und weiter mit dem Privatbus auf der asphaltierten Interoceánica zurück nach Cuzco oder gegebenenfalls bis Puerto Maldonado, von wo aus der Rückflug nach Cuzco oder ohne Umsteigen auch nach Lima möglich ist. Der Eintritt für Manu kostet 150 S/. Das Ticket wird über den Veranstalter bezahlt (oftmals extra zum Reisepreis) und kann nicht bei der Nationalparkbehörde gekauft werden. Angeboten werden inzwischen auch abenteuerliche Mountainbiketouren, die einen 65 km langen Downhill zum Oberlauf des Río Alto Madre de Dios einschließen und in Manu enden, z.B. mit dem deutschsprachigen Anbieter Peru Discovery. Weitere empfehlenswerte Manu-Anbieter sind die holländische Agentur Pantiacolla Tours und der deutschsprachige Veranstalter Amazon Trails Peru.