Die Festung wurde in der Mitte des 18. Jahrhunderts von den Spaniern unter König Fernando VI. errichtet. Der eigentliche Zweck der Festung bestand in ihrer Schutzfunktion zur sicheren Verschiffung von Silber Richtung Spanien. Die Festungsanlage konnte sowohl den Angriffen von Piraten, u.a. des berühmt-berüchtigten François l’Olonnais, als auch einem Angriff der Engländer standhalten. Im 19. Jahrhundert diente die 4400 Quadratmeter große Fortaleza de San Fernando Omoa als Gefängnis. Heute ist die größte Festungsanlage Mittelamerikas ein bedeutendes Baudenkmal.