Die Höhlenkirche Santa Marija befindet sich in Mellieħa, wenige Schritte von der imposanten Pfarrkirche des Ortes entfernt. Ihre Besonderheit ist ein Fresko, von dem behauptet wird, es sei unter den Händen des Evangelisten Lukas entstanden. Tatsächlich stammt es aber aus dem 13. Jahrhundert. Das tut dem Charme der kleinen Kirche aber keinen Abbruch. Die Apsis wurde in mühevoller Kleinarbeit aus dem Fels herausgehauen und stammt wahrscheinlich aus frühchristlicher Zeit. Rundherum finden sich Hunderte Weihgaben der letzten Jahrhunderte. Ein Besuch sollte mit dem Besuch der barocken Pfarrkirche nebenan kombiniert werden.