Das Hypogäum in Paola ist wohl das erstaunlichste Bauwerk Maltas. Es ist die einzige vollständig erhaltene Kultstätte aus der Jungsteinzeit, also aus einer rund 5000 Jahre zurückliegenden Zeit. Anders als die überirdischen Tempel und Gräber hat es die Zeiten weitgehend unversehrt überdauert - denn das Hypogäum ist in die Erde hineingebaut. Auf einer Grundfläche von 500 m2 sind drei Geschosse bis zu 14 m tief aus dem Fels herausgearbeitet worden. Man findet hier Gänge und Hallen, Kammern, Nischen und Stufen sowie Reste von Wandmalereien, die überwiegend dekorative Motive wie Ranken und Spiralen aufweisen. Entdeckt wurde das Hypogäum ganz zufällig beim Ausschachten einer Zisterne im Jahr 1902. Die herbeigerufenen Archäologen fanden in dem unterirdischen Labyrinth etwa 7000 Skelette sowie Skelettreste von mehr als 20.000 weiteren Toten, die auf eine Begräbnisstätte schließen lassen. Einige Wissenschaftler vermuten, dass all diese unterirdischen Räumlichkeiten auch eine Initiationsstätte für Priesterinnen waren, die in den Tempeln der großen Muttergottheit, der Magna Mater, dienten.