Ihr Ruf geht weit über die Landesgrenzen hinaus. Er ist untrennbar verbunden mit den Thomanern, einem der besten Knabenchöre im deutschsprachigen Raum, und ihrem berühmtesten Kantor: Johann Sebastian Bach. Vor dem Südportal erinnert Carl Seffners Bach-Denkmal von 1908 an den Komponisten. Seine sterblichen Überreste wurden 1950 aus der zerstörten Johanniskirche hierher überführt. Die Wurzeln des Thomanerchores liegen im 13. Jh. Damals gab es bereits einen Kirchenbau an der Stelle der heutigen Thomaskirche. Er wurde Ausgangspunkt des von Markgraf Dietrich gestifteten Augustiner Chorherrenstifts und die Schüler dieser Institution erhielten u.a. eine Ausbildung in liturgischen Gesängen. Wenn die Thomaner nicht gerade auf Reisen sind und keine Schulferien haben, kann man freitags und samstags in den Genuss von Motetten und Kantaten kommen. Am Pfingstsonntag 1539 predigte hier Martin Luther - dieser Tag gilt als Einführung der Reformation in Sachsen. Luther und Bach sind zwei der farbigen Fenster im Chorraum gewidmet. Das jüngste Fenster auf der Südseite wurde 2009 von dem Leipziger Maler David Schnell entworfen. Es trägt den Titel "Frieden". Der Kirchenbau selbst wurde häufig umgestaltet. 1496 ersetzte man das romanische Kirchenschiff durch eine spätgotische Halle. Sie wird überspannt von einem Dach, das mit 63 Grad Neigung das steilste Leipzigs ist. Der 68 m hohe Turm bekam 1702 seine barocke Haube. Die Grünfläche vor der Thomaskirche ist zu einem beliebten Treffpunkt für junge Leute geworden.