Aus der Logik der Macht ergibt sich, dass der Sitz des Shoguns nicht weit vom Palast entfernt liegt. Anfang des 17. Jhs. ließ Tokugawa Ieyasu die pompöse Anlage errichten, um dem Tenno zu signalisieren, wer das Reich in Wirklichkeit lenkt. Allerdings war sich der berühmte Kriegsherr seiner Beliebtheit offenbar nicht sehr sicher. So ließ er den Wohntrakt mit aufwendigen Sicherheitsvorkehrungen ausstatten. Die berühmteste ist das „Nachtigallen-Parkett“: Niemand konnte die Zimmerflucht betreten, ohne auf dem Holzfußboden ein zwitscherndes Geräusch zu verursachen. In Geheimkammern lauerten Leibwächter auf Eindringlinge. Nur Angehörigen des Adels, die sich dem Shogun unterwarfen, war es gestattet, durch das große Tor (Kara-mon) den aus fünf Gebäuden bestehenden Palastteil Ninomaru zu betreten. Heute interessieren hier vor allem die Wandschirme der vierten Kammer (Ohiroma Yon-no-ma) und der Palastgarten, der von dem Landschaftsarchitekten und Teemeister Kobori Enshu geschaffen wurde.