Die einschiffige Kirche aus rotem Backstein und hellem Granit mit einzelnen Kapellen und einer von außen fast unsichtbaren Kuppel ist die erste barocke Kirche, die in Polen gebaut wurde. Begonnen wurde ihr Bau 1597, er dauerte bis 1619, weil es statische Probleme mit der Kuppel gab. Das Gotteshaus steht für schlichten, frühen römischen Barock und ist eine exakte Kopie der römischen Jesuitenkirche Il Gesù - manche behaupten, dass bei der Krakauer Version die Proportionen noch besser passen als bei der in Rom. Das Innere ist geschmückt mit Stuckarbeiten des Italieners Giovanni Battista Falconi, in der Kuppel befindet sich ein Foucaultsches Pendel, mit dessen Hilfe die Erdrotation nachgewiesen werden kann. In der Kirche werden im Sommer sehr oft Konzerte gegeben, die auf Plakaten am Eingang angekündigt werden.