Der Namen der Küstenstadt stammt vom nahelegenen Morro Rock, einem Fels, der wie ein riesiger Kiesel aussieht (spanisch: morro = Kiesel). Bereits 1000 v.Chr. soll es hier eine Siedlung der Chumash-Indianer gegeben haben, die eigentliche Stadt wurde 1870 als Handelshafen für landwirtschaftliche Produkte gegründet. Heute sind Tourismus und Fischerei die größten Industriezweige. Ein Teil von Morro Bay gehört zu einem Vogelschutzgebiet.