Die Festung von El Quseir befindet sich im Stadtzentrum. Die Festung ist etwa 80 Meter lang und fast quadratisch. Sie wurde im 16. Jahrhundert von Sultan Selim I errichtet. Von da ab spielte sie eine wichtige militärische Rolle für die Region. Ende des 18. Jahrhunderts besetzten die Franzosen unter Napoleon Bonaparte die Festung. Wenige Jahre später wurde sie von den Engländern eingenommen. Im Hof der Festung stehen heute alte niederländische und französische Kanonen. Das zur Festung gehörende Museum informiert über den einstigen Schiffbau, die damalige Lebensweise der Einheimischen und den Phosphatabbau.