Zum Franziskanerkloster gehörte ursprünglich auch die Dreifaltigkeits- oder Trinitatiskirche nebenan, zweitgrößtes Gotteshaus von Danzig und ein schönes Beispiel der Backsteingotik in Nordpolen. Die dreischiffige Hallenkirche, erbaut 1420-1514, gehört heute wieder dem Franziskanerorden. Sie birgt u.a. das Grab von Giovanni Bernardo Bonifacio d'Oria (1517-97), einem aus Neapel stammenden Gelehrten, der die erste öffentliche Bibliothek Danzigs stiftete.