Diese mächtige Festung mit ihren 16 Meter hohen Mauern und tiefen Gräben wurde Ende des 16. Jahrhunderts von den Portugiesen als Schutz gegen Angriffe der Araber errichtet. Zudem spielte Fort Jesus eine wichtige Rolle in der Portugiesischen Kolonialgeschichte: von hieraus sicherten die Portugiesen ihre Vormachtstellung an der Küste Ostafrikas für den Seeweg nach Indien und nutzten das Fort zugleich als Ausgangsbasis für weitere Erkundungsfahrten. Das Innere schmücken Wandmalereien aus dem 17. Jahrhundert, außerdem beherbergt das Gebäude ein Museum, in dem unter anderem die Ladung eines 1697 vor Mombasa gesunkenen Segelschiffes ausgestellt ist. Sehr sehenswert ist auch das im Kolonialstil eingerichtete Omani House.