Die Krypta von St-Germain wurde bereits im 9. Jh. mit Fresken ausgestattet. Die in Ocker, Weiß und Rot gehaltenen Wandmalereien der Karolingerzeit gelten als die ältesten frühmittelalterlichen Fresken Frankreichs. Zu sehen sind Heilige und Bischöfe von Auxerre, dazu Szenen aus dem Leben des hl. Stephanus. Weniger bedeutend ist das gotische Gotteshaus, das später über der Unterkirche errichtet wurde. Zugang zur Krypta erhältst du über das Musée d’Art im angeschlossenen Benediktinerkloster das archäologische Funde zwischen Prähistorik und Mittelalter zeigt.